Dans les affections liées au chromosome X (comme pour les affections autosomiques dominantes), il n'est pas facile de savoir si la mère d'un enfant atteint est transmettrice lorsqu'il n'existe pas d'autres cas dans la famille. La proportion d'enfants résultant d'une nouvelle mutation est une fonction de la sévérité de la maladie et du rapport entre les taux de mutation (homme/femme). Selon le gène considéré, une proportion variable de femmes hétérozygotes pour une mutation seront elles-mêmes malades.

             L'un des deux chromosome X est inactivée chez les femmes et cette inactivation se fait au hasard et au début de l'embryogenèse (l'embryon n'a que 10 à 20 cellules). L'asymétrie d'inactivation du chromosome X est fréquente mais cette asymétrie est rarement la cause d'une maladie en dehors de quelques maladies neurologiques. Si les femmes transmettrices n'ont pas de signes cliniques, il existe cependant des tests biologiques capables d'identifier une partie de ces conductrices (baisse du facteur VIII pour l'hémophilie A, augmentation des enzymes musculaires comme la créatine kinase pour la myopathie de Duchenne) mais aucun de ces tests ne détecte la totalité des conductrices. La combinaison de ces dosages et des données familiales permet souvent d'abaisser considérablement le risque pour les apparentés des enfants atteints.

           Chaque maladie a ses caractères propres : dans l'exemple des mutations du gène de la dystrophine responsables des myopathies de Duchenne (forme grave) et Becker (forme moins sévère) les recombinaisons intragéniques sont fréquentes (5-10% des méioses) ainsi que les nouvelles mutations en mosaïque.