Lorsqu'une mutation est létale précocement, les mutations observées sont toutes des nouvelles mutations car dans ce cas on ne peut hériter de l'anomalie. Cette sélection ne s'exerce pas sur les mutations qui n'ont pas de conséquences négatives sur la transmission du caractère comme le nombre d'enfants du malade . Nous avons donc une règle très simple : la proportion de nouvelles mutations est d'autant plus importante que la maladie est sévère.

Comme il est plus facile de mesurer une proportion de nouvelles mutations qu'une sévérité moyenne (difficile à estimer lorsque les signes cliniques sont variables comme on l'observe très souvent dans les maladies dominantes), la fréquence des nouvelles mutations est un bon indice de gravité. L'aptitude variable des individus correspond à la notion de fitness de Charles Darwin et comme il n'y pas d'équivalent en français, le terme anglais est utilisé.

Dans la pratique médicale, la fréquence des nouvelles mutations pose un problème lorsque des porteurs peuvent être parce que devant un cas isolé on ne pourra pas a priori savoir si l'absence de notion familiale s'explique par une mutation de novo ou un parent asymptomatique sans avoir identifié la mutation chez le malade, cette recherche étant souvent longue, difficile et coûteuse.

Lorsque la mutation est une mutation non-sens (arrêtant la traduction du mRNA) le caractère pathologique de l'anomalie n'est presque jamais remis en question. Alternativement, lorsque la mutation est une mutation faux sens, remplaçant un acide aminé par un autre, il peut être beaucoup plus difficile de distinguer une mutation causale d'un variant rare sauf si la mutation est nouvelle car le caractère pathologique ne fait pas de doute. L'observation d'une mutation nouvelle est souvent considérée comme une démonstration de son caractère pathologique parce que l'on considère que le taux de mutation du gène en question est très faible.

Nous avons vu que pour les mutations neutres qui n'ont pas de conséquences sur le nombre d'enfants, la fréquence des nouvelles mutations est égale à la fréquence de disparition des mutations car sans cet équilibre la fréquence d'une mutation augmenterait indéfiniment. Cela ne signifie pas que le taux de mutation pour les variants neutres est égal à 0 parce que la disparition d'un variant génétique ne dépend pas seulement de la sélection associée au caractère. La taille limitée des fratries donne un caractère aléatoire à la transmission des caractères qui peuvent disparaître sans sélection. Le même phénomène de variation  stochastique explique la disparition de certains patronymes rares dans une population, cette disparition est d'autant plus rapide que le variant est rare. Il existe donc une relation indirecte entre la rareté d'un variant neutre et son ancienneté (les plus fréquents sont statistiquement les plus anciens).

Les nouvelles mutations sont en mosaïque lorsqu'elles ne sont observées que dans une partie des cellules de l'individu. Le mosaïcisme  s'explique par l'apparition de la mutation au cours de l'embryogenèse : plus la mutation survient tôt dans le développement de l'embryon, plus la proportion de cellules mutées est importante. L'existence de mutation en mosaïque est connue depuis plus de 100 ans et toute mutation peut a priori être observée en mosaïque.

Le mosaïcisme est cependant beaucoup plus fréquent pour certains gènes (mutations du collagène responsable d'ostéogenèse imparfaite, neurofibromatose, myopathie facio-scapulo-humérale). On distingue le mosaïcisme somatique (la mutation est retrouvée dans plusieurs tissus somatiques) du mosaïcisme germinal (la mutation n'est présente que dans les gonades). Dans le premier type le risque de récurrente de la mutation est la proportion observée de cellules mutées (il n'y a pas de problème de calcul) alors que pour le mosaïcisme germinal la probabilité de récurrence ne peut être estimée qu'indirectement et n'est pas simple à calculer.